目前我们所进行的司法改革，主要是由检察院和法院两大系统各自为政、互相封闭的一种改革。它们的种种改革举措，也只能在各自力所能及的范围内进行自我调整、自我安排。检察机关与审判机关为了保持各自在政治体制框架中的特殊优势，以便争取更多的部门利益，纷纷制定出了许多带有倾向性的措施。其中，检、法改革最大的冲突莫过于检察机关的改革旨在强化法律监督，而审判机关的改革却力举审判独立、司法权威。检、法之间的不断内耗与冲突，一方面导致有限的司法资源难以得到合理的配置，另一方面不仅无助于司法改革的顺利进行，而且严重阻碍了整个司法改革的进程。

    分析冲突的原因主要有以下五个方面：一是立法滞后。1997年新刑法修订后，全国人大至今已先后颁布了六个单行刑法（即刑法修正案）和两个决定。但这些补充立法与“两高”制定的司法解释比较起来，却是冰山一角。据不完全统计，新刑法修订后“两高”颁布的司法解释共有200多件。而在民事行政司法领域，由司法解释取代立法解释的现象更加普遍。这种不正常的立法现象，导致司法解释入侵立法解释领域，也是造成司法解释不和谐的重要原因。

    二是司法解释部门化。司法解释权在“两高”，但这并非表现司法解释的制定完全是两家内部的事情，不需要广泛听取社会各界的意见。而司法实践中司法解释的部门化倾向十分明显，司法解释的出台缺乏广泛的民主性，事先缺少必要的论证，缺乏有关单位、部门、学者的参与，缺乏两大司法机关对同一法律问题的协调统一；事后也缺乏必要的监督，使不合法、不合理的司法解释得不到及时纠正和撤销。

    三是审判权优势抗衡、制约检察权。检察机关在刑事诉讼程序中处于承上启下的地位和作用，没有对案件的定罪量刑权，因此检察机关的法律监督权仅是程序性权力，其法律监督的效果有待于法院的审判机制来作出最后的评判、因此检察权对审判权的监督必然为审判权所优势抗衡、制约，审判机关通过限制检察机关法律监督的范围、条件、程序、结果等多方面内容最终使得检察机关的法律监督效果大打折扣。如2001年最高检察院颁发的《人民检察院民事行政抗诉案件办案规则》，而最高法院在2001年12月即颁发《关于民事诉讼证据的若干规定》，使得检察机关刚刚颁发的司法解释中很多关于证据规定的内容形同虚置。

    四是司法评价体制的冲突。目前检、法两部门均有自己的一套评价机制，且互相冲突，引起司法公信力的明显下降。如随着审判方式改革的深化，审判人员法律真实理念的培育、程序正义价值越来越受到重视。这本身是法制进步的表现，然当把这一理念极度夸大时又会走到反面——重程序、轻实体，于是不可知论的观念应运而生，认为由于案件事实和法律适用的模糊性、不确定性，导致案件结果的不确定性，一个案件完全可能存在多个裁判结果，而这些裁判结果都不是错误的，正确裁判结果并不是唯一的。在这样的论调下就会产生案件怎么判都是对的奇谈怪论，势必其评价标准与检察机关的评价标准及社会公众的评价标准产生严重分歧和冲突。

    五是司法体制趋于行政化、地方化。汉密尔顿说过：“就人类天性之一般情况，对某人的生活有控制权，等于对其意志有控制权。”国家对司法机关的保障体制形成了谁听话谁的保障就有力、哪位领导有“能耐”哪家部门保障就丰厚的不正常现象。在此情况下，检、法两院为了各自部门利益，争得地方党委、人大、政府对自己部门的特别利益关照，如提拔干部、经费保障等而不惜牺牲司法独立、司法公正的现象就不足为奇了，司法和谐也就成了一句空话。