自由贸易区是指国境内、受海关保护的、无贸易限制的关税豁免区域，是世界经济自由区中开放程度最高的一种形式，其基本特征可以概括为：“国家行为、境内关外、功能突出、高度自由。”自由贸易区是一个关税、进出口许可证和配额的突破口以及适用特殊海关管理的区域，实际上是采取自由港政策的关税隔离区。
“其实，转型就是向政府要政策，改变现有体制。”李忠杰介绍，中国设立保税区，考虑的是放开经营。但因为当时出了一些问题，又改叫为保税区，这是中国创造的、具有中国特色的名词，其他国家都叫做自由贸易区。也因为保税区概念的定位，中国将开放、自由程度缩小了一半。
“现在保税区的管理呈V字形，底部有监管，两个顶部也有监管，程序太复杂。”区内一家企业的主管如此形容。
李宗杰对V字形监管作了解释，他称，非保税区的产品进入保税区则视同出口，这时海关要监管，通常被他们称为底部监管。保税区的产品进入非保税区也视同进口，这时出去的产品海关仍要监管，此时称为顶部监管。“如果海关只监管底部，将出口时的顶部监管免去，实行自由放开，那将省去很多时间和精力。” 李宗杰如是说。
“转型自由贸易就是要海关只管里面，不管外面，同时放宽区内经营定位。”李宗杰称，目前保税区内虽然关税全免，但不能贸易和住人，只能生产。而国外既可以生产，也可以贸易、住人，实现了真正的方便和自由，因此区内经济十分活跃，中国也应该向这个方向发展。
上海社科院外国投资研究中心主任李小钢介绍，保税区规定，区内投资注册的贸易企业没有出口经营权，因此，这类企业无法在海关注册备案，从境外购入商品也就因此出现了多重代理问题，增加了区内企业的交易成本。许多保税区外贸企业就由于这一问题没能得到很好的解决而陷入困境。
同时，复杂且难以操作的出口退税手续不利于出口加工型企业采购国内的原材料，使保税区设立的初衷——扩大出口不能很好实现，对目前中国经济的刺激作用也十分有限。
此外，中国加入世贸组织后，关税大幅度消减，非关税壁垒逐步解除，保税区原有的政策优势正在日益减弱。从2006年起，国家陆续对近3000种商品的出口退税率进行了下调，出口补贴下降，这些政策调整使保税区内的优势不再明显。
“现有的保税区模式注定了它的萧条。”李宗杰说，因此，必须转型，从保税区并不是完整意义上的自由贸易区状态迈向完全自由贸易区。
分两步迈向自由贸易区
据商务部2008年年初消息，国务院发展研究中心专家组曾两度赴深圳调研保税区转型课题，并有意在上海、深圳、天津三地的保税区进行自由贸易区转型试点，深圳保税区希望能成为首个成功转型的自由贸易区。
2007年，深圳保税区就将一份转型自由贸易区的申报方案递交到管理部门。据李宗杰说，至今，犹如石沉大海，没有得到批示。
李宗杰猜想，或许转变需要一个过程，方方面面需要考虑的东西很多，不能说转就转。既然国家有了转型的意向，那深圳保税区就要全力推进，在2008年，当一项重要工作来抓。
据中国保税区出口加工区协会透露，目前，保税区正在通过两步走的方式，接近自由贸易区，一步是，设立保税港，第二步就直接踏进目的地。
保税港相比于保税区，优惠政策和开放程度很高,也相当于自由贸易区的一个次级版。
保税港是指在“区港联动”的基础上，将保税区、保税物流园区、出口加工区的政策覆盖到港区，实施区港一体化运作，在贸易、物流、出口加工等方面实行更加便利开放的政策，并发展港口作业、国际中转、国际配送、国际采购、国际转口贸易、出口加工、商品展示七个方面的业务，具有自由港特征的特殊经济区。
目前，国内设有上海洋山、天津东疆、大连大窑湾、宁波、厦门海沧五个保税港区。2006年11月，深圳市政府也向广东省和国家有关部门申报设立盐田保税港区。直到现在，该申报未获得通过。但深圳保税区仍在积极筹措中，期望实现区港联动。
对于保税区向自由贸易区的逐步迈进，厦门大学今年也作过研究认为，世界上发展得好的自由贸易区，大多与港口连在一起，实行港区一体化管理。而中国的保税区毗连港口却不包括港口，这成为保税区功能进一步开发的瓶颈。
因为保税区的转口贸易、出口加工、保税区仓储、国际贸易等功能的发挥都需要以港口功能作为依托，只有实行港区一体化运作，增强货物、资金和信息的聚集和扩散能力，才能使保税区各功能有大发展，更好地发挥保税区的带动和辐射作用。
同时，区港合一会把保税区的政策和管理运用到港口运作上，这样，必然会提高港口的开放度和自由度，带动口岸产业的开发。
“当保税港的发展行成一种主要力量时，也许保税区转型自由贸易区已经成功了一大半。”中国保税区出口加工区协会相关负责人说。
