同年12月29日上午，河南省高级人民法院刑一庭在鹤壁市中院审判厅，对“马廷新故意杀人案”开庭审理。

　　 在法庭上，马廷新大喊冤枉，称自己被刑讯逼供。

　　 在法庭调查阶段，马廷新声泪俱下地讲述了自己被刑讯逼供的细节：从2002年8月31日自己被非法拘禁之后，就备受折磨。在浚县公安局，刚开始是将他两手吊起，四肢均不着地，不让吃不让睡，要口凉水都不给喝。9天时间，只大便了一次，一直过着非人的生活，后来才让戴着械具睡觉。一个月下来，他的胳膊和双腿都浮肿了。除此以外，办案人员还特意为马廷新发明了“上墙”“上绳”“上夹棍”“骑马”以及用打火机烧胡子等逼供的方式，困了就用报纸卷一个圆筒往嗓子里吹辣椒面、晕了就用夹子压人中穴。

　　 马廷新和他的辩护人，北京中关律师事务所的朱明勇律师称，正是因为浚县公安局的刑讯逼供，才迫使他违心地写下了自首书，并称自首书也是他在看守所时另一个在押嫌犯写好之后，由他抄了一遍。

　　 马廷新说：“他们（指浚县公安局办案人员）把我媳妇抓起来，并且拍了照片让我看；还把我父亲也抓了，他们说，公安局是说话算话的，只要你承认了，我们马上放了你的家人。”“他们还刑讯逼供，我的腿窝处现在还有伤。”

　　 而公诉人则当庭指出，关于公安机关刑讯逼供一事证据不足。此前浚县公安局纪委已对此展开调查，证明不存在刑讯逼供的情况。

　　 在接下来的法庭辩论阶段，公诉人认为一审判决忽视了各个证据的相互连贯性，割裂开来看待这些证据，而且被告身上的伤并不能证明就是刑讯逼供所致。经过对现场血迹与足印的鉴定，被告人完全有作案时间与作案动机。

　　 马廷新被无罪释放后告诉记者，在押嫌犯袁连芳是号长，当时他就怀疑袁连芳为什么会对整个案情这么清楚。袁连芳对马廷新说：公安局说了，只要你招了，就不再找你家里人的事了。在自己身体受到折磨和逼供、诱供下，自己才不得已作出了假认罪的供述。于是，在袁连芳的“提示”下，经过数次修改，终于写了一份达到警方满意的自首材料。然后，袁连芳让马廷新又背会，并且抄了一遍。

辩护人指出27处疑点

　　 在法庭辩论中，朱明勇律师指出本案有27处疑点。

　　 对足迹鉴定专家和测谎专家提出的质疑是：现场只有左脚印，而没有右脚印；公安机关认定马廷新首先将靠在柜门处的陈连荣杀死，马廷新也曾供述将陈连荣杀死在立柜前，但现场勘察发现柜门上的9处血迹均为B型血，而陈连荣为O型血。现场勘察，陈连荣也不是死在柜门下，而是死在东南角的小床边。自首书是马廷新抄的，不能反映马廷新的真实意愿；凶器与血衣这些最关键的物证至今没有找到。

　　 另外，在案件调查初期的2003年1月12日，6人曾为马廷新作证，证明他们在2002年5月30日晚上都在鸡场打牌没有作案时间，后来这些证人被公安机关逐个进行传唤、刑事拘留，有的甚至被关押40多天。办案人员采取威胁、引诱的手段，向几个证人施加压力，直到他们违心地作出公安机关所需要的证言为止。后来这些证言变成“记不清马廷新是否离开”，但是公安机关并未提供在案发当时对证人的调查笔录。

　　 2006年8月22日，河南省高级人民法院作出了刑事附带民事裁定：撤销鹤壁市中级人民法院的一审判决，发回重审。