沈阳纪检部门就孙凤翔担任沈阳市浑南新区浑河堡村村委会主任涉嫌违法违纪问题进行调查。

　　在调查过程中，孙凤翔曾一度在加拿大逗留，后来经过劝导回国，并于2006年5月30日向沈阳市有关部门投案。

　　2007年5月21日，沈阳市中院公开审理了孙凤翔涉嫌贪污、挪用资金案，涉及金额2561万，其中涉嫌贪污1065万元。

　　据沈阳市人民检察院指控：2003年4月9日，原沈阳市浑南新区水利局局长蒋韬(另案起诉)与沈阳市东陵区五三乡浑河堡村村委会主任孙凤翔分别代表浑南新区和浑河堡村签订了《浑河左岸绿化用地征地补偿和拆迁补偿委托合同》，由浑南新区委托浑河堡村协助政府对470亩土地进行征地、拆迁工作。此后，孙凤翔利用职务便利，采取降低安置补助费标准、虚列工程费的手段，非法占有“土地征用补偿费”。

　　2003年4月18日，孙凤翔以村委会的名义与辽宁省建设集团公司签订建设工程施工合同，在对方未进行任何施工的情况下，让浑河堡村将300万元征地补偿款以工程款的名义转出，将其中30万元现金和15万元转账支票直接转入沈阳凤翔集团有限公司，从其余255万元中提取现金248万元后交给凤翔集团，孙凤翔派人将230万元现金存入辽宁凤翔房地产开发有限责任公司。

　　2003年6月及12月，孙凤翔又陆续以支付工程款的名义，让浑河堡村将征地补偿款转入沈阳祥鑫建筑装饰工程有限公司(系孙凤翔投资成立)498万元、转入辽宁天泰建设工程有限公司467万元，祥鑫公司留下68万元后，按孙凤翔的要求将余款430万元转回凤翔集团；天泰公司留下162万元后，将公司转让给凤翔集团，并按孙凤翔要求将其账户内余款305万元亦交给凤翔集团。事后，被告人孙凤翔根据实际转款的数额，同祥鑫公司和天泰公司补签了建设工程施工合同。被告人孙凤翔采用虚列工程费的欺骗手段贪污征地补偿款共计1065万元。

　　 2002年5月30日，浑河堡村村委会与凤翔集团签订协议书，就修建浑河堡村景观路需拆迁安置村民住宅事宜达成协议，凤翔集团以房屋安置的方式将9户被动迁居民安排到凤祥二期内，并用安置的面积实际抵顶了应返还浑河堡村的回迁面积。

　　2005年8月，因浑河堡村修建的景观路在浑南新区确定的规划路——临波路征地范围内，孙凤翔利用其担任浑河堡村村委会主任的职务便利，派人以浑河堡村委会的名义，书面向浑南新区政府申请9户被动迁居民的安置补助费，后浑南新区政府将161万余元安置补助费拨付至浑河堡村。

　　2006年4月20日，孙凤翔指派凤翔集团员工到浑河堡村将本应属于浑河堡村集体所有的资金161万余元取走，存入凤翔集团用于日常经营活动。

　　2005年7月5日，孙凤翔利用其担任浑河堡村村委会主任的职务便利，指派凤翔集团员工到沈阳市浑南新区土地储备中心，取走沈阳新奉基房产开发有限公司向浑河堡村支付的被动迁居民的安置补偿费1393万元。而后，又以代沈阳新洲和田房地产开发有限公司收取欠款的名义，将上述浑河堡村集体所有的资金1335万元（余款58万元从凤翔集团转回浑河堡村）存入凤翔集团用于日常经营活动。

　　在法庭上，对于检察机关指控“为什么接收政府补偿款是凤祥集团而不是浑河堡村村委会”时，孙凤翔称，他既是浑河堡村村委会主任，同时也是凤祥集团董事长，因此公司与村里常有资金方面的往来。他说：“这么做可能不完全合法，但这种经济往来是常有的。有时候村里欠的债，还是我们公司给还的。”

　　 孙凤翔虽然承认资金流向最终是到了凤翔集团，但仍然认为这是凤翔集团与浑河堡村的正常经济往来，对其利用职务之便贪污犯罪予以否认。